Ngày 14/7/2023, Tổng cục Thuế ban hành Quyết định số 970/QĐ-TCT về Quy trình kiểm tra thuế, trong đó có quy định trình tự kiểm tra hồ sơ thuế theo Ứng dụng hỗ trợ kiểm tra toàn bộ. Trình tự kiểm tra hồ sơ thuế theo Ứng dụng hỗ trợ kiểm tra toàn bộ đã bổ sung một số nội dung đáp ứng yêu cầu ứng dụng công nghệ thông tin đối với công chức kiểm tra hồ sơ khai thuế, đảm bảo phù hợp với quy định về quản lý rủi ro trong công tác kiểm tra thuế; áp dụng các phần mềm ứng dụng tin học để hỗ trợ kiểm tra các loại hồ sơ khai thuế được giao mà người nộp thuế gửi đến cơ quan thuế.

Trình tự kiểm tra, lựa chọn người nộp thuế rủi ro cao bằng ứng dụng hỗ trợ kiểm tra toàn bộ cho một loại hồ sơ thuế (Ứng dụng kiểm tra hồ sơ thuế giá trị gia tăng tại trụ sở quan thuế và các ứng dụng hỗ trợ kiểm tra khác).

Bước 1: Kiểm tra hồ sơ thuế:

- Chậm nhất là 25 ngày sau ngày kết thúc hạn nộp hồ sơ thuế, công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế sử dụng phần mềm ứng dụng kiểm tra để kiểm tra, lập danh sách người nộp thuế có rủi ro cao.

- Kết thúc kiểm tra mỗi hồ sơ thuế, công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế phải in nhận xét hồ sơ thuế theo mẫu số 02/QTKT kèm theo Quy trình này đối với hồ sơ thuế rủi ro cao.

Trên cơ sở hồ sơ thuế rủi ro cao, công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế đối chiếu, so sánh với chính sách thuế, hồ sơ liên quan, thực tế quản lý, ... xét thấy không rủi ro hoặc rủi ro không cao thì ghi nhận xét, báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế lưu hồ sơ và chịu trách nhiệm về kết quả kiểm tra của mình.

Bước 2: Xử lý kết quả kiểm tra, xác định trường hợp ra thông báo (lần 1):

- Đối với các hồ sơ thuế có tổng điểm rủi ro cao thực hiện Lập danh sách trên ứng dụng để kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế.

- Danh sách người nộp thuế kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế tại điểm này không phụ thuộc danh sách người nộp thuế kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế tại điểm a khoản 1.2 Mục II Phần II Quy trình.

Tuy nhiên, cần kết hợp với kế hoạch thanh tra, kế hoạch kiểm tra và danh sách kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế tại các ứng dụng khác để thực hiện, đảm bảo tránh trùng lặp trong kiểm tra. Thứ tự ưu tiên thực hiện khi có trùng lặp:

+ Danh sách thuộc kế hoạch thanh tra, kế hoạch kiểm tra, chuyên đề thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.

+ Danh sách kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế tại điểm a khoản 1.3 Mục II Phần II Quy trình.

+ Danh sách kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế tại điểm b khoản 1.3 Mục II Phần II Quy trình.

- Danh sách người nộp thuế kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế phải được Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ký duyệt theo mẫu số 01/QTKT cùng Quyết định giao nhiệm vụ kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế cho từng Tổ kiểm tra thuế (mẫu số 03/QTKT ban hành kèm theo quy trình này).

- Trên cơ sở Quyết định giao nhiệm vụ kiểm tra, Tổ kiểm tra thuế báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ra thông báo (lần 1) theo mẫu 01/KTT ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin tài liệu đối với các nội dung rủi ro phát hiện qua kiểm tra hồ sơ thuế.

Quy trình kiểm tra thuế mới được Tổng cục Thuế ban hành có hiệu lực thi hành kể từ ngày 14/7/2023, sẽ là “công cụ” quan trọng giúp cho việc kiểm tra thuế đảm bảo chặt chẽ, khoa học, minh bạch hơn trong công tác quản lý thuế; hạn chế tối đa rủi ro về thuế, chống thất thu cho NSNN, tạo sự công bằng về nghĩa vụ thuế trong mọi hoạt động sản xuất kinh doanh của người nộp thuế, đồng thời đảm bảo sự kết nối giữa các phần mềm ứng dụng tin học để hỗ trợ kiểm tra các loại hồ sơ khai thuế, phù hợp với xu hướng hiện đại hóa trong nền kinh tế số hiện nay./.